come installare i programmi separatamente dal SO?

[guadix73]

Ho creato nel'HDD principale una partizione dove vorrei mettere i programmi (ho due HD dati). L'intento è quello di avere una partizione programmi per non doverli riinstallare ogni volta tutti in caso di formattazione della partizione C: col SO.
Alcuni programmi di installazione però chiedono dove installare, altri, come quello della stampante o della fotocamera no e vanno in automatico su c:
Mi sembra che in generale ciò avvenga con i cd di installazione, mentre con un .exe invece viene chiesto dove installare. Vi risulta sia così come dico?
Come faccio allora ad installare nella partizione che ho creato per i programmi anche quelli contenuti in cd di installazione che vanno in automatico su C?
Inoltre ci possono essere problemi nell'avvio di tutti i programmi se si riinstalla il SO nella partizione primaria (tenendo conto che tutte le cartelle di destinazione dei programmi già le tengo fuori da C)?