cartelle non cancellabili dal disco dati.

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A te interessa avere il sistema intatto in C. quindi tutto il resto puoi farlo dopo, ma almeno per fare le cose pulite formatta l'intero spazio e sempre con gli HD staccati installa il sistema (niente immagini) e poi pensa agli HD, in ogni caso se tutto va bene puoi anche evitare di formattare gli altri perchè forse quelle cartelle a questopunto potranno essere eliminate, poi non so che esigenze hai tu.

Ha Ragione H..
Perchè una volta che la dipendenza delle cartelle,(Il sistema attualmente installato), viene a 'mancare', puoi farne ciò che vuoi..